Cơ cấu tổ chức bao gồm: Ban Giám đốc, Phòng Hành chính Tổng hợp, Phòng Nghiệp vụ, Phòng Phục vụ Độc giả, Phòng Tài liệu điện tử và Thư viện Trung tâm chi nhánh KTX B.